Pochodził z bardzo zamożnej rodziny mieszczańskiej, która ceniła najbardziej takie wartości, jak wiedza i praca.
Urodził się w Łodzi 11 listopada 1911 r. Jego rodzicami byli Wacław Fijałkowski i Cecylia z domu Bocheńska. Byli oni m.in. właścicielami kamienicy przy ul. Zgierskiej w Łodzi i kilkudziesięciu hektarów ziemi przy ul. Pabianickiej.
Zgodnie z życzeniami ojca, kasjera Łódzkiego Towarzystwa Kredytowego, rozpoczął naukę w 8-klasowym Gimnazjum Zrzeszenia Kupców w Łodzi, o kierunku matematyczno-przyrodniczym. Ukończył je z wynikiem bardzo dobrym. Trzeba jednak wyraźnie powiedzieć, że Stanisława nie interesowały zagadnienia handlu, księgowości, bądź rachunkowości. Jego żywiołem była biologia. Poznanie i chęć niesienia pomocy człowiekowi. Stąd łatwą była decyzja wyboru kierunku studiów.
Dostał się na Wydział Lekarski Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu. Dyplom otrzymał w 1936 r. Specjalizował się w chirurgii. W tymże roku żeni się ze swoją koleżanką ze studiów uniwersyteckich - Anną z Czarneckich, która ukończyła farmację. Z tego związku urodził się w 1944 r. syn Tomasz.
Bodajże jesienią 1936 r. tuż po uroczystościach weselnych - przychodzi termin przeszkolenia wojskowego. Po nim następuje krótkotrwały okres pracy w jednym z łódzkich szpitali.
Przychodzi wrzesień 1939 r. Niemcy napadają na Polskę. Młody podchorąży - chirurg otrzymuje przydział do Pułku Strzelców Kaniowskich w Łodzi. Szlak bojowy tego pułku prowadził między innymi do Sieradza, gdzie skończył się także etap walki naszego lekarza.
W czasie okupacji niemieckiej przedostał się wraz z żoną do Generalnej Guberni i zamieszkał w Warszawie. Pracował jako lekarz w Szpitalu na Grochowie, następnie w I Klinice przy ul. Chałubińskiego. Był członkiem Armii Krajowej. Jako lekarz brał udział w Powstaniu Warszawskim w Zgrupowaniu "Golski". Jego pseudonim okupacyjny i powstańczy to "Chachuła". Po upadku Powstania, Anna i Stanisław Fijałkowscy uciekli do Piastowa, a później do Milanówka.
Od maja do sierpnia 1945 r. przebywał w Poznaniu. W końcu sierpnia powraca do Łodzi i podejmuje pracę w Szpitalu św. Rodziny. Po uruchomieniu Akademii Medycznej w Łodzi rozpoczyna tam pracę jako st. asystent, jednocześnie pogłębia wiedzę, doktoryzując się u prof. Stefanowskiego.
Ale ten dobry okres nie trwał zbyt długo. Ze względu na pochodzenie społeczne (tak to się wówczas mówiło) i przynależność do AK zostaje usunięty z uczelni. Grożą mu także inne sankcje. Szybko wynosi się z Łodzi i znajduje przystań w Zgierzu. 1 października 1952 r. zostaje mianowany dyrektorem Szpitala Miejskiego. Ponadto pełni funkcję ordynatora Oddziału Chirurgicznego. A jeszcze przedtem wraz z prof. Załogą prowadził w Łodzi Poradnię Chirurgiczną i Żylakową. Po przejściu do pracy w Zgierzu otworzył taką poradnię w naszym mieście.
Państwo Fijałkowscy mieszkali najpierw przy ul. Komuny Paryskiej, a później przy ul. Długiej (w budynku gdzie obecnie znajduje się "Orbis").
Dr Stanisław Fijałkowski był jak wielu lekarzy jego pokolenia społecznikiem. Przez dwie kadencje po październiku 1956 r. był radnym Miejskiej Rady Narodowej w Zgierzu. Był również członkiem Okręgowej Komisji Kontroli Zawodowej. Dyrektorem Szpitala Miejskiego w Zgierzu był do 20 listopada 1970 r.
Zmarł 9 czerwca 1971 r. w Łodzi i pochowany został na starym cmentarzu katolickim przy ul. Ogrodowej w Łodzi.
Ten znakomity chirurg i prawy człowiek, wpisany w Łódź poprzez urodziny i śmierć, żył i pracował wśród nas, zgierzan, niemalże dwie dekady. Zaskarbił sobie wdzięczność niejednego pacjenta. I dlatego niechaj wolno mi będzie nazwać go wybitnym zgierzaninem z wyboru.
Szczepan Mikołajczyk
"Wybitni Zgierzanie - z urodzenia i z wyboru"
Fundacja Muzeum Miasta Zgierza
Zgierz 1994